Page 18 - IFM_201303_vB calosc 150 dpi

vol. 2 3/2013 Inżynier i Fizyk Medyczny

130

artykuł

\

article

oprogramowanie

\

software

umożliwia pracę z

obrazami zapisanymi w

formatach powszech-

nie stosowanych przez użytkowników komputerów osobistych

oraz z powszechnie stosowanymi w obrazowaniu medycznym pli-

kami DICOM. Jako ciekawostkę można odnotować fakt, że

ImageJ

obsługuje także obrazy FITS (

Flexible Image Transport System

), czyli

pliki graficzne stosowane w

astronomii. Dodatkowe kilkadziesiąt

formatów plików stosowanych w

grafice, fotografii i

nauce jest

obsługiwane za pomocą rozszerzeń.

Rys. 1

Praca z obszarami zainteresowania (ROI) w programie ImageJ

Automatyzacja czynności poprzez makra

Program

ImageJ

umożliwia korzystanie z makr, czyli zapisanych

zestawów poleceń kolejno wykonywanych przez program. Ko-

rzystanie z makr z kolei pozwala na szybkie zrealizowanie zadań,

które inaczej wymagałyby od użytkownika wykonania wielu od-

dzielnych czynności. Na stronie internetowej programu

ImageJ

udostępniono ponad 300 gotowych makr przeznaczonych do

realizacji różnych zadań. Proste makro można utworzyć, włącza-

jąc funkcję „nagrywania” czynności wykonywanych przez użyt-

kownika. Przywołanie tak zarejestrowanego makra spowoduje

powtórzenie zarejestrowanych czynności (np. zaznaczenie ROI

w

zadanym miejscu i

odczytanie średniej wartości pikseli). Ma-

kra są zapisywane jako pliki tekstowe, które można edytować

i

korygować. Bardziej skomplikowane makra tworzy się indywi-

dualnie, korzystając z

informacji zawartych w dokumentacji [8].

Interesującą funkcją makr programu

ImageJ

jest przetwarzanie

wsadowe obrazów lub plików. Możliwość tę można wykorzystać

na przykładw celu uporządkowania serii plikówDICOMzarejestro-

wanych w

trakcie pomiarów. Pliki te mają zazwyczaj nazwy, które

nie pozwalają na łatwą identyfikację (np. długie ciągi cyfr). Na ry-

sunku 2 przedstawiono kod makra, który zmienia nazwy wszyst-

kich obrazów zawartych we wskazanym przez użytkownika folde-

rze. Nowe nazwy tworzone są na podstawie informacji zawartych

w zapisanychwewnątrz pliku znacznikach DICOM. Wprzedstawio-

nym przykładzie są to: godzina utworzenia obrazu, co pozwala na

uszeregowanie obrazów w

kolejności chronologicznej, oraz para-

metry ekspozycji: wartość wysokiego napięcia i obciążenia prądo-

wo‑czasowego. Modyfikując przedstawiony kod makra, można

uzyskać nazwy plików złożone z

innych znaczników DICOM.

Rys. 2

Zmiana nazw wszystkich obrazów w formacie DICOM znajdujących się

w wybranym przez użytkownika folderze za pomocą makra. Nowe nazwy skła-

dają się z godziny rejestracji obrazu, wartości wysokiego napięcia i obciążenia

prądowo‑czasowego

Linearyzacja obrazów

Niektóre testy cyfrowych urządzeń radiologicznych wymagają

tzw. linearyzacji obrazów, to znaczy przeliczenia wartości każ-

dego z pikseli na dawkę lub kermę w powietrzu [2]. Linearyzacja

wymaga zarejestrowania serii obrazów dla różnych poziomów

ekspozycji, czyli przy różnej wartości dawki otrzymywanej przez

detektor. Dla każdego obrazu odczytuje się średnią wartość pik-

seli w wybranym, ustalonym obszarze obrazu. Następnie wyzna-

cza się postać funkcji STP (

Signal Transfer Property

) określającej

zależność wartości pikseli od dawki oraz funkcję odwrotną, czyli

niezbędną do linearyzacji zależność dawki od wartości pikseli.

Program

ImageJ

umożliwia przeprowadzenie linearyzacji na

przynajmniej dwa różne sposoby. Pierwszym z

nich jest użycie

polecenia „

Calibrate

”, dzięki któremu można wprowadzić warto-

ści pikseli i odpowiadających im dawek, a następnie wybrać jed-

ną z predefiniowanych postaci funkcji i dopasować jej parametry

do podanych wartości. Dopasowana funkcja zostaje automa-

tycznie zastosowana do aktualnie wyświetlanego obrazu lub do

Program ma wiele funkcji dostępnych w większości

programów graficznych, w tym powiększanie i pomniej-

szanie obrazów, filtrowanie, dopasowywanie okna skali

szarości, zmiana LUT (

Look-Up Table

), przycinanie, zmia-

na rozmiaru, obracanie, lustrzane odbicie itp.

Menu

pro-

gramu wyposażono także w funkcje mniej typowe – na

przykład transformata Fouriera obrazu lub pomnożenie

obrazu przez obraz. Program

ImageJ

umożliwia także

zaznaczanie ROI w kształcie linii, prostokąta, elipsy, wie-

lokąta i kształtu rysowanego odręcznie oraz wyznacza-

nie wartości średniej, standardowego odchylenia i in-

nych statystyk wartości pikseli w ROI (Rys. 1). Wybrane

obszary zainteresowania mogą być modyfikowane (np.

łączone), przenoszone na inne obrazy i zapamiętywane,

co umożliwia opcja „ROI

manager

”.